Από όσα μας λες καταλαβαίνω ότι το οικόπεδο είναι "εξ αδιαιρέτου".
Όταν δε έγινε η σύσταση καθέτου ιδιοκτησίας υπήρχε ήδη ο βόθρος.
Όταν εσύ αποδέχτηκες την κληρονομιά, αποδέχτηκες και την ύπαρξη του βόθρου που εξυπηρετεί το διπλανό τμήμα.

Στην περιοχή δεν υπάρχει κεντρικό σύστημα αποχέτευσης, ακόμα βόθρους έχετε;
Η δική σου κατοικία των 36τ.μ. εξυπηρετείται από άλλο βόθρο;
Δεν νομίζω ότι έτσι απλά μπορείς να κλείσεις τον βόθρο, έστω και αν βρίσκεται στο δικό σου τμήμα του οικοπέδου, έστω και αν εξυπηρετεί μόνο τον γείτονα του εξ αδιαιρέτου οικοπέδου.

Για το τι χρειάζεται άδεια δόμησης ή άλλου τύπου άδεια, θα διαβάσεις στο άρθρο 4 του ΝΟΚ (Ν.4067/12). Ψάξε το στο et.gr.